Selama beberapa tahun pertama kewujudannya, negara berusaha untuk diiktiraf sebagai pengganti tunggal Yugoslavia, tetapi bekas republik Soviet yang lain menentang tuntutan ini. Pertubuhan Bangsa-Bangsa Bersatu menolak permintaan untuk memasukkan Yugoslavia. Akhirnya, selepas penyingkiran Slobodan Milosevic sebagai presiden persekutuan pada tahun 2000, negara itu meninggalkan aspirasi ini dan menerima pendapat Jawatankuasa Timbang Tara Badinter mengenai penggantian bersama. Dia memohon semula keahlian PBB pada 27 Oktober dan diterima masuk pada 1 November 2000.
Manual
FRY pada mulanya diperintah oleh Slobodan Milosevic sebagai Presiden Serbia (1989-1997) dan kemudian Presiden Yugoslavia (1997-2000). Milosevic memasang dan memaksa penyingkiran beberapa presiden persekutuan (seperti Dobrica Cosic) dan perdana menteri (seperti Milan Panic). Walau bagaimanapun, kerajaan Montenegro, yang pada mulanya bersungguh-sungguh menyokong Milosevic, mula beransur-ansurmenjauhkan diri daripada politiknya. Ini membawa kepada perubahan rejim pada tahun 1996 apabila bekas sekutunya Milo Đukanović mengubah dasarnya, menjadi ketua parti pemerintah Montenegro, dan seterusnya memecat bekas pemimpin Montenegro Momir Bulatović, yang kekal setia kepada kerajaan Milošević. Sejak dari masa itu Bulatović dilantik ke jawatan pusat di Belgrade (sebagai Perdana Menteri Persekutuan), Đukanović terus mentadbir Montenegro dan terus mengasingkannya dari Serbia. Oleh itu, dari tahun 1996 hingga 2006 Montenegro dan Serbia secara nominal adalah sebuah negara tunggal. Pengurusan dalam setiap kemungkinan segmen politik, ekonomi dan sosial telah dijalankan di peringkat tempatan, di Belgrade untuk Serbia dan Podgorica untuk Montenegro.
Kesatuan Serbia dan Montenegro
Sebagai kesatuan yang longgar, atau konfederasi, Serbia dan Montenegro hanya bersatu di kawasan tertentu, seperti pertahanan. Kedua-dua negeri konstituen berfungsi secara berasingan sepanjang tempoh kewujudan Republik Persekutuan dan terus beroperasi dalam rangka dasar ekonomi yang berasingan, serta menggunakan mata wang berasingan (euro adalah satu-satunya tender yang sah di Montenegro). Pada 21 Mei 2006, satu referendum mengenai kemerdekaan Montenegro telah diadakan, dan 55.5% pengundi mengundi untuk kemerdekaan. Peninggalan terakhir bekas Yugoslavia, 88 tahun selepas penciptaannya, berakhir dengan pengisytiharan rasmi kemerdekaan Montenegro pada 3 Jun 2006 dan pengisytiharan rasmi kemerdekaan Serbia 5Jun. Selepas pembubaran, Serbia menjadi pengganti sah kesatuan itu, dan Montenegro yang baru merdeka sekali lagi memohon untuk menjadi ahli dalam organisasi antarabangsa.
Akibat bencana
Selepas kejatuhan Yugoslavia pada tahun 1990-an, hanya republik Serbia dan Montenegro bersetuju untuk mengekalkan negara Yugoslavia, dan pada tahun 1992 menerima pakai perlembagaan baharu untuk Yugoslavia baharu. Selepas kejatuhan komunisme di Eropah Timur, negara baru itu mengikuti gelombang perubahan demokrasi. Ia meninggalkan simbol komunis: bintang merah dikeluarkan dari bendera negara, dan lambang komunis digantikan dengan helang berkepala dua putih dengan lambang Serbia dan Montenegro di dalamnya. Negeri baharu itu juga mewujudkan jawatan presiden tunggal, yang pada mulanya dilantik dengan persetujuan republik Serbia dan Montenegro sehingga 1997, selepas itu presiden dipilih secara demokrasi.
Penciptaan Republik Persekutuan Yugoslavia
Dengan kejatuhan Yugoslavia dan institusinya antara 1991 dan 1992, timbul persoalan mengenai perpaduan dua republik yang kekal dalam persekutuan yang runtuh: Serbia, Montenegro; serta wilayah majoriti Serbia di Croatia dan Bosnia yang mahu kekal bersatu. Pada tahun 1991, hasil rundingan diplomatik yang diketuai oleh Lord Carrington dengan enam pemimpin, semua republik, kecuali Serbia, bersetuju bahawa Yugoslavia hancur dan setiap bahagian autonominya harus menjadi sebuah negara merdeka. Kerajaan Serbia terkejut dan marah dengan keputusan Montenegro yang memihak kepada penamatanYugoslavia, kerana kerajaan Bulatovich sebelum ini berkait rapat dengan kerajaan Milosevic di Serbia. Keruntuhan Yugoslavia bermula pada tahun 1991, apabila Slovenia, Croatia dan Macedonia mengisytiharkan kemerdekaan. Kemudian Republik Persekutuan Yugoslavia dibentuk.
Yugoslavia Ketiga
26 Disember 1991, Serbia, Montenegro dan wilayah pemberontak Serbia di Croatia bersetuju bahawa mereka akan membentuk "Yugoslavia ketiga" baharu. Usaha juga dibuat pada tahun 1991 untuk memasukkan Bosnia dan Herzegovina Sosialis-Revolusioner ke dalam persekutuan, di mana rundingan sedang dijalankan antara Milosevic, Parti Demokratik Serbia Bosnia dan penyokong penyatuan Bosniak, Naib Presiden Bosnia Adil Zulfikarpacic. Zulfikarpašić percaya bahawa Bosnia boleh mendapat manfaat daripada bersatu dengan Serbia dan Montenegro, jadi dia menyokong pakatan yang akan memastikan perpaduan Serb dan Bosniak. Bendera Republik Persekutuan Yugoslavia tidak berbeza dalam apa jua cara daripada negara sebelumnya.
Milosevic meneruskan rundingan dengan Zulfikarpasic mengenai kemasukan Bosnia ke dalam Yugoslavia baharu. Walau bagaimanapun, usaha untuk menggabungkan seluruh Bosnia ke dalam Yugoslavia baharu telah terhenti pada penghujung tahun 1991, apabila Izetbegović merancang untuk mengadakan referendum kemerdekaan manakala Serb Bosnia dan Croat Bosnia membentuk wilayah autonomi.
Pertelingkahan antara kaum bersaudara
Sejak 1996, tanda-tanda umum pertama perselisihan politik antarasebahagian daripada kepimpinan Montenegrin dan Serbia. Menjelang 1998, apabila Perdana Menteri Montenegro Milo Đukanović menjadi terkenal dalam perebutan kuasa dengan Presiden Montenegro Momir Bulatović, republik itu meneruskan dasar ekonomi yang berbeza, menggunakan Deutsche Mark sebagai mata wangnya. Pada musim luruh tahun 1999, selepas perang Kosovo dan kempen pengeboman NATO, Đukanović (yang kini memegang kuasa teguh di Montenegro kerana Bulatović telah disingkirkan sepenuhnya) menyediakan draf dokumen bertajuk Platforma za redefiniciju odnosa Crne Gorei Srbije ("Platform untuk Persekutuan Republik Yugoslavia"), menyeru kepada perubahan besar dalam pembahagian tanggungjawab pentadbiran dalam FR Yugoslavia, walaupun ia masih secara rasmi melihat Montenegro sebagai negara bersama Serbia. Milosevic tidak bertindak balas terhadap Platform, menganggapnya tidak mengikut perlembagaan.
Voltan meningkat
Hubungan politik di negeri persekutuan menjadi semakin tegang, terutamanya berlatarbelakangkan gelombang pembunuhan tokoh politik, penjenayah dan perniagaan negara di kedua-dua republik (Zeljko "Arkan" Rozhnatovic, Pavle Bulatovic, Chika Petrovic dan Goran Žugić), dan juga dua percubaan terhadap kehidupan ahli politik pembangkang Vuk Drašković. Menjelang Oktober 2000, Milosevic telah kehilangan kuasa di Serbia. Bertentangan dengan jangkaan, reaksi Đukanovićan terhadap pertukaran kuasa di Belgrade bukanlah untuk meneruskan agenda yang ditetapkan dalam "Platform" beliau, tetapi untuk tiba-tiba mula mendesak kemerdekaan penuh, dengan itumembuangnya sepenuhnya dalam proses. Kerajaan Montenegro seterusnya melaksanakan dasar pro-kemerdekaan, dan ketegangan politik dengan Serbia memuncak walaupun terdapat perubahan politik di Belgrade. Semua keghairahan ini adalah hasil semula jadi daripada sejarah penciptaan Republik Persekutuan Yugoslavia.
Penubuhan konfederasi
Pada tahun 2002, Serbia dan Montenegro mencapai perjanjian baru untuk meneruskan kerjasama, yang, antara lain, menjanjikan berakhirnya Yugoslavia. Kedua-dua negara sebelum ini adalah sebahagian daripada Republik Persekutuan Yugoslavia. Pada 4 Februari 2003, perhimpunan persekutuan Yugoslavia mewujudkan kesatuan negara bebas, atau konfederasi, Kesatuan Negeri Serbia dan Montenegro. Persetujuan telah dicapai mengenai piagam perlembagaan baharu yang akan menyediakan asas untuk mentadbir negara.
Kemerdekaan Montenegro
Pada hari Ahad, 21 Mei 2006, rakyat Montenegrin mengundi dalam referendum kemerdekaan. 55.5% menyokong kemerdekaan. Jumlah undian "ya" sedemikian diperlukan untuk pembubaran Yugoslavia. Peratusan keluar mengundi ialah 86.3% dan 99.73% daripada lebih 477,000 undian adalah sah.
Pengisytiharan kemerdekaan berikutnya oleh Montenegro (pada Jun 2006) dan Serbia (5 Jun) menamatkan konfederasi Yugoslavia dan dengan itu sisa-sisa terakhir Republik Persekutuan.
Pembangunan ekonomi Republik Persekutuan Yugoslavia
Negeri mengalami masalah ekonomi yang ketara akibat keruntuhan dan pengurusan ekonomi yang tidak cekap, danjuga tempoh lanjutan sekatan ekonomi. Pada awal 1990-an, FRY mengalami hiperinflasi dinar Yugoslavia. Menjelang pertengahan 1990-an, FRY telah mengatasi inflasi. Kerosakan selanjutnya kepada infrastruktur dan industri Yugoslavia yang disebabkan oleh Perang Kosovo menyebabkan ekonomi hanya separuh daripada pada tahun 1990. Berikutan penyingkiran bekas Presiden Yugoslavia Persekutuan Slobodan Milosevic pada Oktober 2000, kerajaan campuran Pembangkang Demokratik Serbia (DOS) melaksanakan langkah penstabilan dan memulakan agenda pembaharuan pasaran yang agresif. Selepas menyambung semula keahlian dalam Tabung Kewangan Antarabangsa pada Disember 2000, Yugoslavia terus berintegrasi semula dengan seluruh dunia dengan menyertai Bank Dunia dan Bank Eropah untuk Pembinaan Semula dan Pembangunan.
Republik Montenegro yang lebih kecil memisahkan ekonominya daripada kawalan persekutuan dan dari Serbia semasa era Milosevic. Selepas itu, kedua-dua republik itu mempunyai bank pusat yang berasingan, manakala Montenegro mula menggunakan mata wang yang berbeza: ia mula-mula mengguna pakai jenama Deutsch dan terus menggunakannya sehingga ia rosak dan digantikan oleh euro. Serbia terus menggunakan dinar Yugoslavia, menamakan semula dinar Serbia.
Kerumitan hubungan politik dalam FRY, kemajuan perlahan dalam penswastaan dan genangan dalam ekonomi Eropah telah menjejaskan ekonomi. Pengaturan dengan IMF, terutamanya keperluan untuk disiplin kewangan, adalah elemen penting dalam pembuatan dasar. Pengangguran yang serius adalahisu politik dan ekonomi utama. Rasuah juga merupakan masalah utama dengan pasaran gelap yang besar dan tahap penglibatan jenayah yang tinggi dalam ekonomi formal.